Setelah menjalani
berbagai macam kegiatan, entah itu tugas kuliah, kegiatan di dalam maupun di
luar kampus, akhirnya minggu ini bisa istirahat juga. Di tambah lagi ada
tanggal merah hari kamis dan jum’at, lanjut libur sabtu dan minggu. Aaaaaa sungguh
hari yang sangat di tunggu-tunggu di kalangan pelajar maupun mahasiswa J
Btw nanti
libur empat hari mau ngapain ya??? Hmmmm main sama temen? Ngerjain tugas??? Atau????
J J semuanya
aja deh di kerjain biar ga bingung. Yang jelas manfaatkan waktu sebaik mungkin,
karena waktu itu sangat berharga J
Periode ini dimulai dengan Penegerian Fakultas Agama Universitas Islam 
Indonesia (UII) menjadi Perguruan Tinggi Agama Islam (PTAIN) yang diatur dengan Peraturan Presiden Nomor 34 Tahun 1950 Tanggal 14 Agustus 1950 dan Peresmian PTAIN pada tanggal 26 September 1951. Pada Periode ini, terjadi pula peleburan PTAIN (didirikan berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 34 Tahun 1950) dan ADIA (didirikan berdasarkan Penetapan Menteri Agama Nomor 1 Tahun 1957) dengan diterbitkannya Peraturan Presiden Nomor 11 Tahun 1960 Tanggal 9 Mei 1960 tentang Pembentukan Institut Agama Islam Negeri (IAIN) dengan nama Al-Jami'ah al-Islamiyah al-Hukumiyah. pada periode ini, PTAIN berada di bawah kepemimpinan KHR Moh Adnan (1951-1959) dan Prof. Dr. H. Mukhtar Yahya (1959-1960)
Periode ini ditandai dengan Peresmian IAIN pada tanggal 24 Agustus 1960. Pada periode ini, terjadi pemisahan IAIN. Pertama berpusat di Yogyakarta dan kedua, berpusat di Jakarta berdasarkan Keputusan Agama Nomor 49 Tahun 1963 Tanggal 25 Februari 1963. Pada periode ini, IAIN Yogyakarta diberi nama IAIN Sunan Kalijaga berdasarkan Keputusan Menteri Agama Nomor 26 Tahun 1965 Tanggal 1 Juli 1965. Pada periode ini telah dilakukan pembangunan sarana dan prasarana pendidikan, dimulai dengan pemindahan kampus lama (di Jalan Simanjuntak, yang sekarang menjadi gedung MAN 1 Yogyakarta ) ke kampus baru yang jauh lebih luas (di Jalan Marsda Adisucipto Yogyakarta). Sejumlah gedung fakultas dibangun dan di tengah-tengahnya dibangun pula sebuah masjid yang masih berdiri kokoh. Sistem pendidikan yang berlaku pada periode ini masih bersifat 'bebas' karena mahasiswa diberi kesempatan untuk maju ujian setelah mereka benar-benar mempersiapkan diri. Adapun materi kurikulumnya masih mengacu pada kurikulum Timur Tengah (Universitas Al-Azhar, Mesir) yang telah dikembangkan pada masa PTAIN. Pada periode ini, IAIN Sunan Kalijaga berada di bawah kepemimpinan Prof. RHA Soenarjo, SH (1960-1972).
Pada periode ini, IAIN Sunan Kalijaga dipimpin secara berturut-turut oleh Kolonel Drs. H. Bakri Syahid (1972-1976), Prof. H. Zaini Dahlan, MA (selama 2 masa jabatan: 1976-1980 dan 1980-1983), Prof. Dr. HA Mu'in Umar (1983-1992) dan Prof. Dr. Simuh (1992-1996). Pada periodeini, pembangunan sarana prasarana fisik kampus meliputi pembangunan gedung Fakultas Dakwah, Perpustakaan, Program Pascasarjana, dan Rektorat dilanjutkan. Sistem pendidikan yang digunakan pada periode ini mulai bergeser dari 'sistem liberal' ke 'sistem terpimpin' dengan mengintrodusir 'sistem semester semu' dan akhirnya 'sistem kredit semester murni'. Dari segi kurikulum, IAIN Sunan Kalijaga telah mengalami penyesuaian 
yang radikal dengan kebutuhan nasional bangsa Indonesia. Jumlah fakultas bertambah menjadi 5 (lima); yaitu Fakultas Adab, Dakwah, Syari'ah, Tarbiyah dan Ushuluddin. Program Pascasarjana IAIN Sunan Kalijaga dibuka pada periode ini, tepatnya pada tahun akademik 1983/1984. Program Pascasarjana ini telah diawali dengan kegiatan-kegiatan akademik dalam bentuk short courses on Islamic studies dengan nama Post Graduate Course (PGC) dan Studi Purna Sarjana (PPS) yang diselenggarakan tanpa pemberian gelar setingkat Master. Untuk itu, pembukaan Program pAscasarjana pada dasawarsa delapan puluhan tersebut telah mengukuhkan fungsi IAIN Sunan Kalijaga sebagai lembaga akademik tingkat tinggi setingkat di atas Program Strata Satu.
Pada periode ini, IAIN Sunan Kalijaga berada di bawah kepemimpinan Prof. Dr. HM. Atho Mudzhar (1997-2001). Pada periode ini, upaya peningkatan mutu akademik, khususnya mutu dosen (tenaga edukatif) dan mutu alumni, terus dilanjutkan. Para dosen dalam jumlah yang besar didorong dan diberikan kesempatan untuk melanjutkan studi, baik untuk tingkat Magister (S2) maupun Doktor (S3) dalam berbagai disiplin ilmu, baik di dalam maupun di luar negeri. Demikian pula peningkatan sumber daya manusia bagi tenaga administratif dilakukan untuk meningkatkan kualitas manajemen dan pelayanan administrasi akademik. Pada periode ini, IAIN Sunan Kalijaga semakin berkonsentrasi untuk meningkatkan orientasi akademiknya dan mengokohkan eksistensinya sebagai lembaga pendidikan tinggi. Jumlah tenaga dosen yang bergelar Doktor dan Guru Besar meningkat disertai dengan peningkatan dalam jumlah koleksi perpustakaan dan sistem layanannya.